Dejo por aquí el comando básico que uso por línea de comandos para copiar archivos usando la aplicación rsync:
rsync -Whrtv --progress --stats ORIGEN DESTINO
Los parámetros que yo uso son:
-W: copia todo
-h: muestra el resultado de salida “leíble humanamente”
-r: recursivo, o sea, archivos y carpetas dentro de el origen
-t: mantiene las fechas de modificación en la copia
-v: muestra salida verbosa, o sea, muestra todo lo mostrable
–progress: muestra el progreso de la copia
–stats: muestra estadísticas durante la copia, como velocidad y tiempo restante